Formata da tre bacini, quello di Lignano di S. Andrea e di Buso, (questa per metà appartenente alla laguna di Grado), la Laguna di Marano, con il suo clima umido, è alimentata principalmente da tre fiumi, lo Stella, il Corno, e l'Ausa. Le parti pianeggianti, soggette a marea e generalmente ricoperte da melma, sono conosciute come velme, mentre le zone emerse solitamente ricoperte da flora submediterranea e canneti sono definite barene.
La flora presenta una vegetazione sia salmastra, frequente nelle velme, che semi-salmastra, presente nelle barene, diffusi nelle zone di terraferma sono, invece le varie specie di pino. La fauna ittica e avicola sono particolarmente ricche, le acque lagunari sono particolarmente pescose e presentano un'ampia gamma di specie ittiche.
La laguna di Marano rappresenta la prima grande zona marittima per gli uccelli migratori provenienti dall'Europa centrale e settentrionale. Grazie alla propria ricchezza ornitologica la laguna è stata dichiarata, nel 1979, zona protetta di valore internazionale, a tal riguardo sono da ricordare le le riserve naturali della Valle Canal-Novo e delle Foci dello Stella.